С четвёртого курса по комсомольскому призыву он вступил в ряды Красной Армии и был направлен в 1-й Воздушно-десантный корпус. В его составе принимал участие в обороне Москвы осенью и зимой 1941 г. В 1942 г. в составе 42-го отдельного истребительно-противотанкового дивизиона 37-й гвардейской стрелковой дивизии отличился в боях при обороне Сталинграда, был тяжело ранен. После длительного лечения в госпитале вернулся в строй. В 1944 г. участвовал в освобождении от фашистских захватчиков Белоруссии. В составе 9-й гвардейской дивизии с боями прошёл Румынию, Венгрию, Австрию; закончил войну в Чехословакии.
После демобилизации в октябре 1945 г. приехал в г. Абакан Красноярского края. Три года работал в горкоме комсомола, вначале инструктором, затем — 1-м секретарём. Молодого перспективного комсомольского работника направили на учёбу в Москву в Высшую комсомольскую школу, после окончания которой он был назначен заведующим отделом пропаганды Хабаровского крайкома ВЛКСМ. В 1950 г. впервые ступив на хабаровскую землю, он остался здесь до конца своей жизни. Работал в комсомольских, партийных органах. В 1958 г. заочно окончил исторический факультет Хабаровского государственного педагогического института (ныне ДВГГУ). В 1962 г. избран председателем Амурского баскомфлота (профсоюза рабочих морского и речного флота Амурского бассейна). После десятилетней профсоюзной деятельности до ухода на пенсию работал заместителем начальника Амурского бассейнового управления пути (1972–1983). В 1976 г. С. С. Травкин был избран председателем Хабаровской секции Советского комитета ветеранов войны, эту работу он бессменно выполнял больше двадцати пяти лет, особое внимание уделяя увековечиванию памяти погибших воинов-дальневосточников. Именно в этот период у Сергея Степановича раскрылся талант историка и поисковика. Он возглавил рабочую группу по подготовке к изданию двух томов «Книги памяти», в которую внесено свыше 40 тысяч фамилий хабаровчан и жителей Хабаровского края, ушедших на фронт, с указанием места их призыва, времени гибели и места захоронения. Во все концы страны направлялись письма с целью выяснения судеб затерявшихся воинов-земляков. Благодаря этой титанической работе огромное количество близких, жен, детей впервые узнали о судьбе самых родных людей, смогли поклониться их могилам. В книгах также подробно описан боевой путь частей и соединений, сформированных в Хабаровске и отправленных на фронты Великой Отечественной войны. Рабочей группой были составлены и списки погибших в войну хабаровчан, фамилии которых теперь золотом нанесены на пилоны мемориала на площади Славы. Это десятки тысяч вернувшихся из небытия защитников Родины.